醫院HIS系統的主要目標是支持醫院的行政管理與事務處理業務，減輕事務處理人員勞動強度，輔助醫院管理，輔助高層領導決策，提高醫院工作效率。

醫院HIS系統是整個醫院信息系統建設的基礎，包括普遍應用的模塊如門診收費、醫技計費、住院收費、輸液室管理、醫囑收費等子系統；以及藥房、藥庫、設備、物資、血庫等物流子系統；臨床診療部分主要包括醫生工作站、護士工作站等系統。